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Figlio d’arte, di origine italo-svizzera, ha studiato a Zurigo, sua città natale, e successivamente con Nadia Boulanger a Parigi e Franco Ferrara a Roma e a Siena. Nel 1966 ha vinto il Concorso di direzione d’orchestra indetto da Rudolf Kempe e dalla Tonhalle-Orchestra di Zurigo e nel 1968 il concorso AIDEM a Firenze. Dal 1967/68 era assistente di Peter Maag.
Dal 1969 al 1991 è stato direttore musicale dell’Orchestra della Radio Televisione della Svizzera Italiana e dal 1990 al 1993 direttore musicale e artistico dell’Orchestra dell’Angelicum di Milano. Dal 1898 al 2017 è direttore permanente della serie di concerti SINFONIA dell’Orchestra Sinfonica dell’Engadina. L’Orchestra lo nomina direttore ad honorem. Nel 1999/2000 era "conductor in residence" dell’Orchestra Sinfonica di Gottinga. Nel 2001 ha fondato l’Orchestra dell’Insubria.
Quale maestro ospite si esibisce in quasi tutti paesi dell’Europa occidentale ed orientale, in Giappone e in America. Dirige prestigiose orchestre quali i Filarmonici di Monaco, l’Orchestra Filarmonica d’Amburgo, le Orchestre Sinfoniche della Radio di Berlino, mdr-Lipsia, hr-Francoforte, NDR-Amburgo, WDR-Colonia, ORF-Vienna, i Sinfonici di Vienna, di Praga e di Bamberga, l’Orchestra Nazionale di Francia, l’Orchestra Filarmonica di Radio Francia, l’Orchestra Nazionale del Belgio, l’Orchestra Filarmonica Reale delle Fiandre, l’Orchestra Accademica Sinfonica della Filarmonica di San Pietroburgo, l’Orchestra dell’Accademia Santa Cecilia di Roma, l’Orchestra Sinfonica dell’Emilia Romagna Arturo Toscanini di Parma e l’Orchestra della RAI Torino, l’Orchestra della Tonhalle di Zurigo, l’Orchestra Sinfonica di Basilea e l’Orchestra della Svizzera Romanda di Ginevra, la NHK et la Yomiuri di Tokyo. Nel 1996 ha portato in tournée in Italia l’Orchestra Sinfonica di Berlino e nel 1998 l’Orchestra Filarmonica di Halle.
Nella lirica è specialista sia del classicismo e romanticismo tedeschi sia del belcanto di Rossini e Donizetti.
Marc Andreae ha partecipato ai festival di Salisburgo, Vienna, Berlino, Parigi, Lucerna, Zurigo, San Pietroburgo, Milano e Firenze. Ha diretto numerosi concerti e opere trasmessi dalle televisioni di tutto il mondo e ha inciso oltre 50 DVD, CD e LP. È stato premiato con due Grands Prix du Disque e con la LP Techo Disdinction di Tokyo. Come successore di Paul Hindemith e stato nominato nel 1978 membro d’onore dell’Associazione A.Bruckner.
Nel 1999 ha conseguito il premio della Fondazione culturale della banca UBS su proposta di Ulrich Meyer-Schoellkopf, sovrintendente dell’Orchestra Filarmonica di Berlino, per i suoi straordinari meriti in qualità di direttore d’orchestra.
Nel 2005 la Reggenza della Repubblica di San Marino gli ha conferito l’onorificenza di Cavaliere ufficiale del Ordine di Sant’ Agata in segno di stima e considerazione per la sua lunga, prestigiosa carriera musicale.
Ha diretto più di 100 opere in prima esecuzione, numerose scritte per lui da Bussotti, Capicchioni, Ferrero, Lombardi, Lucchetti, Possio, Sciarrino, Feldmann, Globokar, Hoffman, Balissat, Bamert, Beck, Glass, Glaus, Gaudibert, Haselbach, Hoch, Holliger, Kelterborn, Lehmann, Maggini, Meier, Moeschinger, Moret, Moser, Müller, Pagliarani, Pflüger, Semini, Suter, Vogel, Wildberger, Urbanner, Wimberger, ecc.
Il suo impegno di ricerca musicologica lo ha condotto a scoprire e pubblicare in prima edizione molte opere e brani sinfonici inediti di autori quali Rossini, Donizetti, ÄŒajkovskij, Schumann, Liszt e Weber.